3/11時点では、マニラ⇄タクロバン間はフィリピン航空とエアーピルエキスプレス（AirPhill Express。フィリピン航空の子会社のLCC）のコードシェアとして運行されていました。機体はフィリピン航空だけど、ターミナルやスタッフはLCCのエアーピルエキスプレスを活用することで、コストを下げているのでしょう。
よって注意点は以下の通り。
・ターミナルが違う
日本からマニラに行く場合、フィリピン航空なら第2ターミナル、JALは第1ターミナルに到着します。
タクロバン行きの便は第3ターミナルなので、どちらで行くにせよ荷物を持って移動しなければなりません。ターミナル間に鉄道やシャトルバスの類いはないので、移動には車を手配する必要があります。
ちなみに成田からのANA便は第3ターミナルに着くものの、夜の到着なのでその日のうちに乗り継ぐことはできません。
・預け荷物の重量制限は10kg
エアーピルエキスプレスは預け荷物の重量制限は10kgです。フル機材を持ったダイバーには到底足りません。
ただし、エアーピルエキスプレスでは+15kgの重量枠を買えます。事前購入なら1,000ペソ（約2,400円）。25kgは微妙だけど、団体なら合算してもらえます。
なお、成田と名古屋以外からのリピーターダイバーは、きっとフィリピン航空のスポーツプラスに入っていることでしょう。こちらは+20kgまで預けられます。
よって航空券を購入する際、個別の手配が可能ならスポーツプラス会意はフィリピン航空で、それ以外はエアーピルエキスプレスの便として買うのが良いでしょう。
どちらで買っても乗る飛行機は同じです。エアーピルエキスプレスはフィリピン航空と同じマイレージサービスを採用しているのでマイルを貯め損なうこともありません。
…などと書いていたら、3/15付けでエアーピルエキスプレスは「PAL Express（パルエクスプレス）」というブランド名に代わり、フィリピン航空との統合がさらに進んだようです。
ちなみにオレンジ色を基調としたエアーピルエキスプレスのWebサイトはフィリピン航空カラーの紺色に変わっています。内容はほぼ同じのようですが。
と、ここで一つ疑問が。
・便が遅れたときは待ってくれるの？
例えば成田→マニラが遅れたとき、同じフィリピン航空どうしなら多少は待ってくれていました。逆にタクロバン→マニラが遅れたときも然り。でも、これからはそういった時間の融通もなくなるかもしれませんね。
まあ、フィリピンではいろいろローカルルールがありそうだから、確かなことは解らないけど。